Във варовиците на Врачанската могила се е оформил своеобразен карстов район. Той включва много водни пещери, карстови извори, повърхностно и подземно течащи потоци и реки. Божият мост е остатък от карстова пещера, образувана сравнително близо до земната повърхност. С течение на времето таванът на места се е срутил и се е открила пещерна зала. Оформила се е типична проходна пещера с три входа. В най-тясната част силно намалелите води на реката образуват езерце с непостоянни граници. Във вътрешността на скалния мост са оформени различни пещерни образувания – скални колони, кубета, ниши и кухини по стените, в които гнездят бухали, кукумявки, скални гълъби, прилепи и др. В древността Божият мост е използван като естествен мост, затова свидетелстват и останките от антична и средновековна крепост, намиращи се непосредствено в единия му край. В миналото хората възприемали скалния мост като божие творение, оттогава останало и името Божият мост.
